Estudian el genoma completo de bacterias que atacan variedades de cultivos en Chile -

Estudian el genoma completo de bacterias que atacan variedades de cultivos en Chile

Hace unos meses atrás, el laboratorio Diagnofruit comunicó la detección de Pseudomonas syringae pv. morsprunorum (Psm) en cerezos de Osorno. Una enfermedad conocida como cáncer bacterial y que podría llegar a ser bastante perjudicial para los huertos chilenos.

La contención de este tipo de bacterias es compleja, conocida es la historia de Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa) en Chile y el mundo. Por ello es importante elaborar estrategias de control eficientes y ajustadas a la realidad local, Psm es un patógeno desconocido en Chile, hoy probablemente su relevancia se reduce a un huerto, pero siempre debemos fijar el trabajo con la proyección necesaria bajo el peor escenario y así estaremos preparados ante cualquier adversidad.

Ante esto, Diagnofruit está desarrollando una investigación para estudiar el genoma completo de las bacterias que atacan variedades de cultivos en Chile; enfocados en la detección de Pseudomonas.

De acuerdo con lo expresado por el fundador y gerente de Laboratorios Diagnofruit, Héctor García, la idea principal de este estudio es “caracterizar la población fundadora de Psm (individuos colectados por primera vez)”.

Esto para así “establecer a la perfección las características iniciales de este nuevo patógeno en Chile; a través de análisis genéticos profundos”, comentó García. El objetivo es establecer medidas de control adaptadas ante este patógeno.

Asimismo, García agregó que, debido a que no es posible saber cómo se están “comunicando” estas bacterias con otras similares pero locales sin revisar la carga genética de los primeros, el estudio o análisis también incluirá la investigación sobre poblaciones de P. syringae pv. syringae (Pss), P. viridiflava y otras incluso con escaso poder patogénico como P.  fluorescens que las encontramos en simpatría.

“Un segundo objetivo es conocer el comportamiento en términos de patogenicidad del patógeno sobre las variedades que cultivamos en Chile. La literatura, sobre todo en cerezos, no es abundante para nuestros cultivares, por lo que debemos generar información local de forma urgente, y un tercer aspecto a estudiar es la correlación de resistencia a cobre y antibióticos con genes presentes en las poblaciones” especificó García.

Desarrollo, participantes y financiamiento de la investigación

Fua a través del proyecto de Alternaria, desarrollado por el laboratorio junto a exportadoras, que técnicos integrantes del proyecto recolectaron muestras de la primera detección de Psm en Chile.

Esta detección alertó de manera inmediata a los investigadores del laboratorio, ya que la falta de información de Psm en cerezos chilenos podría dificultar la implementación de medidas de mitigación, iniciando el proceso de denuncia al SAG.

Es por ello que se decidió comenzar a trabajar en el estudio. Sin embargo, según García, el financiamiento de esta iniciativa es complejo.

“Si bien el proyecto posee objetivos muy aplicados, también posee otros de ciencia básica. Hoy tenemos serios problemas para financiar I+D aplicada; y obviamente problemas gigantes para hacer ciencia básica. Por ejemplo, es muy complejo que nos financien secuenciación completa del genoma en este caso de un patógeno, considerando además que Diagnofruit es un ente privado”, explicó García.

Asimismo, García comentó que los fondos concursables son cada vez más escasos y con procesos de selección complicados y largos, que hacen perder oportunidad.

“Entonces, inventamos un modelo cooperativo (Alternaria), donde exportadoras y agroquímicas generan un fondo común; enganchando estudios sobre sus huertos, información de primera fuente, en caso de las primeras, y sobre sus formulaciones para las segundas”, puntualizó.

Este proyecto “ha funcionado de forma perfecta por dos temporadas; aunque siempre los recursos son escasos”, señaló.

Por el momento, con las exportadoras que participan han logrado generar la base financiamiento mínima para el desarrollo de la iniciativa. “Obviamente las puertas están abiertas a la participación”, explicó Héctor García. A la fecha las exportadoras comprometidas con la iniciativa son Frusan, Fruttita, Prize, Subsole y Ranco Cherries; al mismo tiempo Anasac, Basf, Bayer, Bionativa, Syngenta han aceptado la invitación al grupo de trabajo.

Si bien el equipo de Diagnofruit es de alto nivel, varios doctores expertos en biología molecular lo conforman, siempre es necesario el apoyo de asesores con los que se discuten y analizan resultados, de esta forma el equipo se completa con Jessica Rodriguez F., experta en fisiología de post-cosecha, Carlos Tapia T., experto en producción frutícola y fisiología vegetal y Dr. Alan Zamorano C., especialista en técnicas de metagenómica.

Por el momento, ya se iniciaron los trámites con el SAG. “Nos han prestado amplio apoyo para el desarrollo de la iniciativa. Sin embargo, aún nos falta cerrar algunos temas importantes debido a que trabajaremos con un patógeno cuarentenario”, comentó García.

Si bien Diagnofruit cuenta con una autorización para trabajar con Psa en investigación, se requiere un proceso aparte para el proyecto que está en curso.

“Bajo esta perspectiva, solo hemos avanzado en el área genómica y en la organización y búsqueda de participantes”, informó García.

Resultados y proyecciones

Por el momento, el estudio ha desarrollado el reporte del patógeno y algunas caracterizaciones; junto al SAG.

“Nosotros buscaremos genes importantes como de resistencia o virulencia que nos permitirá conocer la base y comparar a futuro en virtud que la enfermedad se expanda”, explicó García.

Agregó que “cada huerto que se monitoreará para Pseudomonas conocerá exactamente qué especies dominan y causan problemas. Además, aprovecharemos el impulso y observaremos y estudiaremos la presencia de Cytospora; un hongo que suponemos podría ser importante y está muy relacionado a ataques de Pseudomonas”.

A su vez generarán un mapeo y una plataforma de consulta, con la colaboración de TrackitAgro.

“Además, tendremos una noción de qué variedades son más susceptibles a Psm en función de análisis controlados in-vivo sobre hojas y frutos. Para terminar, las agroquímicas podrán evaluar el efecto de sus productos sobre el control de Psm con diversas pruebas in-vitro, que nos dan la pauta del comportamiento en campo”, comentó García.

La idea a largo plazo de este proyecto es que no vuelva a ocurrir la falta de información relacionada con genomas de patógenos. “La idea es que esto no vuelve a suceder, que se transforme en una cultura siempre mirando el estudio a largo plazo que es pieza clave para una fruticultura sustentable”.

Añadió que “personalmente creo que la sustentabilidad de nuestra agricultura se basa en políticas de largo plazo y esto es un aporte y esperamos que se proyecte en el tiempo y espacio”.

Para García este proyecto sentará las bases de conocimiento de Psm y probablemente otros Pseudomonidos y hongos que serán detectados bajo el trabajo sistemático establecido.

“Descifraremos si ciertos productos, que no son los clásicos formulados en base cobres y antibióticos, generan control sobre estas bacterias. Esto es muy importante en la agricultura moderna; la inocuidad medioambiental es la clave para un país exportador de productos frescos”, señaló.

Foto 1. Mancha necrótica en hojas de Cerezo cv. Santina causadas por Pseudomonas spp. Región Del Maule, Nov. 2019.

Fotos: Diagnofruit

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