HRM, la innovadora técnica para detección de Botrytis pseudocinerea, una especie recientemente descubierta en frutales y cultivos -

HRM, la innovadora técnica para detección de Botrytis pseudocinerea, una especie recientemente descubierta en frutales y cultivos

Laboratorios Diagnofruit Ltda., es una empresa chilena fundada en el año 2012 por Ingenieros Agrónomos, con el objetivo de desarrollar investigación y brindar servicios que respondan a las necesidades de la industria frutícola del país.

Entre sus clientes se encuentran algunas de las exportadoras más importantes del país como Frusan, Dole y Subsole, empresas de agroquímicos y organizaciones gremiales como el Comité del Kiwi.

Además del diagnóstico de calidad de fruta - herramienta que apoya a las exportadoras en el proceso de segregación de huertos para guarda extendida - Diagnofruit es un activo desarrollador de técnicas y tecnologías para la detección, diagnóstico de patógenos y el estudio de las relaciones filogenéticas entre especies, patovares y/o genotipos.

En esta última área de desarrollo, Diagnofruit en cooperación con el Centro de Investigación de Biomédica de la Universidad Autónoma de Chile, generó una técnica de alta sensibilidad y muy eficiente para la detección de dos importantes especies del género Botrytis, como lo es Botrytis cinerea y Botrytis pseudocinerea.

¿Por qué es importante conocer cuál especie de botrytis domina dentro de mi cultivo?

Existen algunas variantes crípticas y simpátricas de botrytis, esto quiere decir que no se pueden diferenciar a simple vista y que pueden ocupar el mismo nicho ecológico. Investigaciones en uva de mesa en los años 90’s en Francia y más recientes en Chile, caracterizaron a B. pseudocinerea como natural e intrínsecamente resistente a fenhexamid, detectándose aislados resistentes a la molécula aún sin haber recibido aplicaciones de fenhexamid con anterioridad.

Esta importante característica condiciona el diseño de los programas de control químico en función de la población de botrytis dominante en el campo, generando la importancia de conocer la frecuencia de ambas especies.

¿En qué consiste esta nueva técnica?

La técnica se basa en una variante de qPCR y se denomina HRM por sus siglas en inglés (High Resolution Melting). Ésta técnica, entre otras características, puede detectar mínimas variaciones en el genoma de cualquier organismo, siendo capaz de discriminar entre B. cinerea y B. pseudocinerea.

Esta técnica fue presentada en el último simposio de Botrytis efectuado en octubre en Santa cruz, para descargar el póster click aquí.

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¿Cuáles son las ventajas de HRM por sobre las técnicas convencionales?

La técnica convencional posee varios pasos y muchas veces si la extracción de ADN no es lo suficientemente eficiente genera bandas de difícil visualización en un típico gel de agarosa.

La técnica de HRM no utiliza gel de agarosa, sino que es una interpretación directa de un pequeño sector del genoma del hongo, por lo tanto, es mucho más eficaz y eficiente, reduciendo los tiempos de análisis en un 55% y aumentando la sensibilidad de detección significativamente.

¿Cómo se proyecta la temporada en términos de calidad y conservabilidad de especies frutales como uva, donde variedades como Thompson S. son altamente susceptibles a ataques de B. cinerea y B. pseudocinerea?

Héctor García, gerente general de Laboratorios Diagnofruit Ltda., dijo que "si bien ha sido una primavera muy cálida en la zona central, por sobre lo normal y con sucesivas olas de calor, hecho que generalmente es positivo si el riesgo es bien manejado, se ha detectado que el calor extremo en verano puede generar problemas en la maduración (precocidad) acompañado de una mayor dificultad en la acumulación de materia seca por estrés térmico, mismo comportamiento registramos en cerezas tempranas este año".

"En términos de colonización por botrytis en flor, existen dos realidades muy marcadas, en zonas tempranas donde se presentaron lluvias cercanas a flor, el control fue deficiente existiendo un alto riesgo de desarrollo de infecciones en cosecha y post-cosecha, por lo cual, hemos generado con nuestros clientes planes de manejo específicos en esas unidades. Por otra parte, las zonas de floración más tardía presentaron, en general, niveles de colonización por botrytis en frecuencias más bajas, resultando una fruta de riesgo más bajo", agregó.

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